Baidoa (somaliska: Baydhabo) är en stad i sydvästra Somalia, belägen 256 kilometer (med väg) nordväst om huvudstaden Mogadishu. Staden hade omkring invånare (2022), därtill kom omkring flyktingar vilket gjorde staden till den näst största flyktingmottagaren efter Mogadishu. Området bebos traditionellt av klanerna Digil och Mifle (Rahanweyn). I Baidoa har landets övergångsregering haft sin bas.